A história de Nova Fátima é relativamente recente em termos de emancipação política:
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Origem: O povoado surgiu em meados do século XX, inicialmente pertencendo ao município de Riachão do Jacuípe.
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Emancipação: A cidade conquistou sua autonomia política em 13 de junho de 1989.
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Nome: O nome é uma homenagem à Nossa Senhora de Fátima, refletindo a forte religiosidade católica dos primeiros moradores.